KEGG Pathway分析
KEGG網(wǎng)站(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因與基因組百科全書)是一套關(guān)于基因組、酶促途徑以及生物化學(xué)物質(zhì)的在線數(shù)據(jù)庫。它免費提供了基因數(shù)據(jù)庫、通路數(shù)據(jù)庫、配體化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫、序列相似性數(shù)據(jù)庫(SSDB) 、基因表數(shù)據(jù)庫、蛋白分子相互關(guān)系數(shù)據(jù)庫(BRITE) ,并且開發(fā)網(wǎng)頁和編程的接口。有很多研究者采用 KEGG的數(shù)據(jù)或工具進行通路的分析。 KEGG Pathway 分析可以根據(jù)輸入數(shù)據(jù)不同采用兩種不同的方法進行分析,如果SWISSRPOT 或者 GeneID 列表可以通數(shù)據(jù)庫號轉(zhuǎn)換并對應(yīng)的方式對應(yīng)到通路,若來自Genbank 的序列可以通過相似性注釋的方式對應(yīng)到 KEGG Pathway。
Pathway ID |
Description |
Test |
00010 |
Glycolysis / Gluconeogenesis |
13 |
00020 |
Citrate cycle (TCA cycle) |
9 |
00051 |
Fructose and mannose metabolism |
8 |
00190 |
Oxidative phosphorylation |
12 |
00230 |
Purine metabolism |
7 |
00240 |
Pyrimidine metabolism |
9 |
00271 |
Methionine metabolism |
6 |
… |
… |
… |

KEGG通路顯著性分析
與參照數(shù)據(jù)集比較,計算Z-score和P value,尋找顯著性富集的通路。