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1. 傳統(tǒng)蛋白質組學研究

目前基于質譜儀器的蛋白質組學研究多數(shù)利用EBI的IPI、NCBI的NR和SWISSPROT作為數(shù)據(jù)庫對蛋白進行檢索鑒定。因此，在已獲取這三類數(shù)據(jù)庫的實驗鑒定結果后，我們可以實現(xiàn)以下分析：

數(shù)據(jù)庫交叉注釋批量查詢

將IPI號轉化成UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, Refseq, GI, ENSEMBL, UniGene, Entrez Gene(Gene ID)和Symbol等。將SP號轉化成EMBL, IPI, Refseq, GI, ENSEMBL, UniGene, Entrez Gene(Gene ID), Symbol, IntAct, GeneCards, MIM等。

數(shù)據(jù)庫功能注釋查詢
批量查詢IPI號：

GO的 Biological Process, Subcellular Location, Molecular Function；
染色體定位信息；
結構域信息，包括：InterPro, Pfam, SMART, PROSITE, PRINTS等。

批量查詢SP號:

GO的 Biological Process, Subcellular Location, Molecular Function；
染色體定位信息；
功能信息、二聚體信息、剪切體信息和組織表達特異性信息；
結構域信息，包括：InterPro, Pfam, SMART, PROSITE, PRINTS等；
蛋白修飾信息，包括：磷酸化、糖基化、甲基化、乙?；龋?
相互作用蛋白，包括：IntAct, Reactome, DIP等；
通路信息，包括：KEGG, Biocarta, Protein Lounge, Pathway_Interaction_DB等。

ID 號比較

基于多批數(shù)據(jù)集之間的比較，采用數(shù)據(jù)交叉表和venn圖方式表示數(shù)據(jù)集之間的交蓋性。

表. 數(shù)據(jù)集之間交蓋度。

圖. 數(shù)據(jù)集之間venn圖。 ?

蛋白序列分析

許多數(shù)據(jù)庫可能沒有提供相關蛋白的功能注釋，我們可以利用蛋白序列預測相關的功能。
序列相關的預測涉及:

膜蛋白和跨膜區(qū)段預測；
亞細胞定位預測；
信號肽預測；
分泌蛋白預測；
翻譯后修飾預測：磷酸化位點、N-糖基化位點、O-糖基化位點、陰陽位點（即磷酸化和O-糖基化競爭位點）預測。
根據(jù)蛋白序列計算出相關理化性質，包括分子量、等電點、疏水性、酸性氨基酸數(shù)目、堿性氨基酸數(shù)目和蛋白長度。

圖. 鑒定蛋白的理化性質分布圖。 ?

圖. 分子量和等電點在樣本之間的比較。

染色體定位

已知蛋白的鑒定號，批量調取蛋白定位信息，并圖示化：

圖. 鑒定蛋白染色體定位圖示

基因富集度計算

在蛋白組學中，對大規(guī)模的鑒定結果經常用pie圖或bar圖表示蛋白的某個分類，如亞細胞定位、生物功能、生物通路等。有時也會考慮這些分子在哪些疾病分子交蓋比例過高。

圖. Bar圖表示鑒定蛋白在分子功能上的富集度。

GO 分析

通過一般數(shù)據(jù)庫查詢給出特定蛋白的GO信息煩多，很難進行統(tǒng)計分類。我們可以將所有鑒定蛋白的GO都slim到特定的GO分類上，便于下一步的統(tǒng)計和圖示化。已在上圖中標示。

圖. Pie圖表示鑒定蛋白在亞細胞定位上的分類。

網絡分析

通過蛋白的差異譜或實際鑒定譜，可以在各種相互作用數(shù)據(jù)庫中找到對應的相互作用蛋白，并構畫出相互作用網絡。

圖. 鑒定蛋白構建相互作用網絡。

圖. 鑒定蛋白構建Transfac轉錄調控網絡。

通路分析

對已鑒定蛋白可以mapping到通路數(shù)據(jù)庫中，給出mapping的統(tǒng)計結果并圖示化。

圖. 通路總體mapping情況。

圖. 蛋白標記定量數(shù)據(jù)在KEGG通路圖中的mapping

圖. 蛋白標記定量數(shù)據(jù)在Protein Lounge通路圖中的mapping

2. 比較蛋白質組學研究

在比較蛋白質組研究中經常用到標記定量手段，如ICAT, ITRAQ等，這樣可以獲取多組樣本之間同一個蛋白的表達趨勢。我們可以采用多元統(tǒng)計學的方法表現(xiàn)鑒定的結果。

差異蛋白篩選

在兩兩比較的比較蛋白質組學中，要找出差異的蛋白列表，可以用正態(tài)分布擬合方法篩選